Podczas czyszczenia maszyny fleksograficznej wybór rodzaju płynu czyszczącego musi uwzględniać dwa aspekty: po pierwsze, powinien on odpowiadać rodzajowi użytego atramentu;drugim jest to, że nie może powodować pęcznienia ani korozji płyty drukarskiej.Przed drukiem należy oczyścić płytę drukarską roztworem czyszczącym, aby powierzchnia płyty drukarskiej była czysta i wolna od zabrudzeń.Po wyłączeniu płytę drukarską należy natychmiast oczyścić, aby zapobiec wyschnięciu i zestaleniu się drukowanego atramentu na powierzchni płyty drukarskiej.